東大式　生命データサイエンス即戦力講座【電子版】

大学院の教育現場発！NGSデータ解析に必須なプログラミング言語の基礎知識と豊富な解析実例を1冊にまとめました．データサイエンス時代を迎えた生命科学・医学で使える，DRY解析技術という武器をあなたの手に

第一部　生命データサイエンスの基礎体力づくり
第1章　Unix系環境の準備
1　環境構築のための計算機の準備
2　プラットフォームごとの環境の準備
第2章　データ解析に向けたUnix系環境の使い方
1　コマンドラインシェル（コマンドインタプリタ）
2　パッケージマネージャ
他
第3章　Pythonによるデータ解析の基礎
1　Pythonの起動と実行
第4章　Pythonによるデータ解析の実践
1　実践：matplotlibによるグラフの描画
2　実践：VCF形式ファイル内の変異の集計
第5章　R言語によるデータ解析の基礎と実践1
1　解析環境とRのインストール
2　パッケージのインストール
他
第6章　R言語によるデータ解析の実践2
1　実践：DEG解析
2　実践：階層的クラスタリング・ヒートマップ描画
他
第7章　スパコン利用のためのはじめの一歩
1　大規模計算機での解析
2　国内におけるスパコンについて

第二部　生命データサイエンスの実践
第1章　オミクス解析の準備
1　オミクス解析外観
2　オミクスシークエンス解析
他
第2章　ゲノム解析
1　実践：ゲノムシークエンスデータからの点変異の検出
2　その他のゲノム解析手法・ツールについて
第3章　トランスクリプトーム解析
1　実践：RNA-seqデータからの発現量算出とヒートマップ描画
第4章　エピゲノム解析
1　実践：ChIP-seqデータからのヒストン修飾のパターン解析
2　その他のエピゲノム解析手法
第5章　シングルセル解析1
1　実践：scRNA-seqデータの一次解析
2　実践：scATAC-seqデータの一次解析
［Column］計測技術の進展とデータ量
第6章　シングルセル解析2
1　実践：scRNA-seqデータからのクラスタリングと細胞種同定
2　実践：scATAC-seqデータからのクラスタリングとcoverageプロットの作成
他
第7章　ロングリード解析
1　実践：全長cDNA-seqデータからの発現量算出と短鎖RNA-seqデータとの比較
2　実践：長鎖ゲノムシークエンスデータからの構造変異の検出
他