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≪実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ≫

空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド【電子版】

最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ!

鈴木 穣 (編)

出版社
羊土社
電子版ISBN
 
電子版発売日
2022/12/08
ページ数
244ページ
 判型
B5
フォーマット
PDF(パソコンへのダウンロード不可)

電子版販売価格:¥8,580 (本体¥7,800+税10%)

印刷版ISBN
978-4-7581-2261-0
印刷版発行年月
2022/12
ご利用方法
ダウンロード型配信サービス(買切型)
同時使用端末数
3
対応OS
iOS最新の2世代前まで / Android最新の2世代前まで
※コンテンツの使用にあたり、専用ビューアisho.jpが必要
※Androidは、Android2世代前の端末のうち、国内キャリア経由で販売されている端末(Xperia、GALAXY、AQUOS、ARROWS、Nexusなど)にて動作確認しています
必要メモリ容量
34 MB以上
ご利用方法
アクセス型配信サービス(買切型)
同時使用端末数
1
※インターネット経由でのWEBブラウザによるアクセス参照
※導入・利用方法の詳細はこちら

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概要

シングルセル解析の弱点「位置情報の損失」を補う新技術は,実際どこまで使えるのか?! 次々に開発される機器のそれぞれの特徴とプロトコール,さらに応用例と今後の技術展望まで,最先端の情報を凝縮した1冊.

目次

【目次】
序―配列からバイオロジーへ
空間オミクス解析への期待
“使う”時代がやってきた
概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド

◆実践編
第1章 技術とプロトコール
1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結/FFPE組織検体の解析
2 空間トランスクリプトーム Visiumのデータ解析ツール
3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全cDNA解析
4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ
6 空間トランスクリプトーム HybISS(Hybridization-based in situ sequencing)
7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq(STOmics)
column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
column セミバルクRNA-seq
8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー
9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
10 空間プロテオーム(空間トランスクリプトームも可能) GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス

第2章 データベース
12 バイオイメージングデータベースの現状と展望
13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析

◆応用研究編
第1章 発展的空間オミクス解析
1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
5 イメージングによるオミクス状態の推定

第2章 活用例と展望
6 免疫研究と空間オミクス解析
7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
8 心臓血管疾患と空間オミクス解析
9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状

索引