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独習 Pythonバイオ情報解析【電子版】

Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム (編)

出版社
羊土社
電子版ISBN
 
電子版発売日
2021/04/16
ページ数
408ページ
 判型
AB
フォーマット
PDF(パソコンへのダウンロード不可)

電子版販売価格:¥6,600 (本体¥6,000+税10%)

印刷版ISBN
978-4-7581-2249-8
印刷版発行年月
2021/03
ご利用方法
ダウンロード型配信サービス(買切型)
同時使用端末数
3
対応OS
iOS11.0以降 / Android8.0以降
※コンテンツの使用にあたり、専用ビューアisho.jpが必要
※Androidは、Android8.0以降の端末のうち、国内キャリア経由で販売されている端末(Xperia、GALAXY、AQUOS、ARROWS、Nexusなど)にて動作確認しています
必要メモリ容量
76 MB以上
ご利用方法
アクセス型配信サービス(買切型)
同時使用端末数
1
※インターネット経由でのWEBブラウザによるアクセス参照
※導入・利用方法の詳細はこちら

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概要

Pythonでバイオインフォに取り組み、いずれは機械学習など始めたい方に。汎用的なテーブルデータ解析、可視化ライブラリを用いて、生命科学特有のシングルセル、RNA-Seq解析を実装しつつ学べる。

目次

第1章 この本の使い方と事前準備
1.1 Pythonを用いる理由
1.2 プログラミングを行うためのマシンの用意


第2章 Jupyter Notebookの使い方
2.1 Jupyter Notebookの基本操作
2.2 Jupyter Notebookの便利な機能


第3章 Python速習コース
3.1 はじめに
3.2 関数とメソッド


第4章 文字列処理の基本 ファイルの読み書き,正規表現
4.1 文字列処理
4.2 ファイルの読み書き


第5章 Biopythonを用いた塩基配列データの扱い方 オブジェクト指向入門
5.1 クラスを利用したプログラミング
5.2 Biopythonを使った配列ファイルの読み書き


第6章 pandasはじめの一歩 表形式データの扱い方
6.1 準備
6.2 Series


第7章 RNA-Seqカウントデータの処理 pandas実践編
7.1 準備
7.2 データファイルの読み込みとアノテーション


第8章 データの可視化 Matplotlib,Seabornを用いたグラフ作成
8.1 解析環境のセットアップおよびデータの準備
8.2 Matplotlibライブラリの使い方


第9章 統計的仮説検定 RNA-Seqデータを用いた検定の基本からモデル選択まで
9.1 必要ライブラリのimport
9.2 基本的な用語や概念


第10章 シングルセル解析1 テーブルデータの前処理
10.1 はじめに
10.2 データの前処理


第11章 シングルセル解析2 次元削減
11.1 データ読み込み
11.2 主成分分析


第12章 シングルセル解析3 クラスタリング
12.1 データ読み込み
12.2 階層的クラスタリング


付録A NumPy入門
A.1 NumPyのimport


付録B Scanpyを使ったシングルセル解析
B.1 Scanpyのimport