実験医学増刊 Vol.43 No.15【電子版】
【特集】構造生命科学 AlphaFold時代にどう活かす？
- 出版社名
- 羊土社
- 発行年月
- 電子版発売日
- ページ数
- 214ページ
- 判型
- B5
- 印刷版ISBN
- 978-4-7581-0429-6
- 電子版ISBN
- 978-4-7581-0429-6
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概要
【特集】構造生命科学 AlphaFold時代にどう活かす？
あらゆる生命科学研究者が構造データを活用できる時代が到来！AlphaFoldを含む最先端の構造予測AI，クライオEMやクライオETで構造データを取得し，タンパク質の機能解析・デザイン・創薬にどう活かすのか，豊富な事例とともに研究戦略を解説．
目次
【目次】
序にかえて 構造を解く時代から活かす時代へ
ガイダンス 構造データの使い方
第1章 タンパク質構造を視る・知る
Ⅰ．実験構造決定
1．遺伝子発現制御におけるクロマチン構造のダイナミクス
2．RNAポリメラーゼⅡ複合体による転写のメカニズム：高次複合体化により発揮される多彩な機能
3．クライオ電子顕微鏡による回転型ATPaseの構造機能解析
4．感染受容体NTCPを介したB型肝炎ウイルス接着機構
5．クライオ電子線トモグラフィー解析へのAlphaFoldの応用
他
Ⅱ．in silico解析
8．AlphaFoldを活用したタンパク質複合体構造予測
9．AlphaFoldを活用した構造ダイナミクス解析：マグネシウム輸送体を例に
10．AlphaFoldによる複合体同定と受精機構の解明
11．AlphaFold Multimerを用いたユビキチン様タンパク質の複合体構造予測と機能の解明
12．cDNA display proteolysis法によるタンパク質構造安定性のメガスケール解析
他
第2章 タンパク質を創る（分子エンジニアリング）
Ⅰ．自然界のタンパク質改変
1．網羅的変異体解析と構造解析を組合わせたCasタンパク質の機能改変
2．ブリッジリコンビナーゼの発見から応用まで
3．チャネルロドプシンが有するK＋選択性の構造基盤
4．構造解析と1分子観察を活用したプラスチック分解酵素PETaseの改良
Ⅱ．自然界に存在しないタンパク質のデザイン
5．物理化学と経験的ルールに基づくde novoデザイン
6．深層学習でゼロからつくる機能性タンパク質
第3章 タンパク質に結合する分子を創る（創薬）
1．深層学習によるCPI予測の現状と展望
2．創薬を加速する立体構造解析：中外製薬におけるクライオ電子顕微鏡の実装とその先
3．構造ベース農薬開発の新展開
4．AIが描く胃薬の未来図：cryo-EMとDeep Quartetが拓く新たな阻害剤のデザイン
5．構造から読み解くグレリン受容体のリガンド応答の多様性
第4章 可能性を広げる構造解析技術
1．超解像顕微鏡は細胞分子動画の夢を見るか
2．高速AFMを利用したタンパク質1分子のナノ動態観察
3．X線自由電子レーザーによる分子動画解析：微生物型ロドプシンの動的構造とその知見
4．NMRを用いた動的構造解析の最先端
5．構造精密化の基礎：クライオ電子顕微鏡による単粒子解析を中心に
索引
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